Čišćenje Petrijevih zdjelicaje mukotrpan proces, ali ovaj proces može učiniti eksperimente učinkovitijima. Ako se Petrijeva zdjelica ne očisti, eksperimentator mora gubiti više vremena na obradu eksperimentalnih podataka. A ako se Petrijeva zdjelica temeljito očisti, eksperimentator može izvesti učinkovitije.
Ručno čišćenje Petrijevih zdjelica:
Općenito, prolazi kroz četiri koraka: namakanje, ribanje, kiseljenje i čišćenje.
1. Namakanje: Novo ili rabljeno stakleno posuđe prvo treba namočiti u vodi kako bi se omekšale i otopile dlačice. Novo stakleno posuđe prije upotrebe treba jednostavno oprati vodom iz slavine, a zatim preko noći namočiti u 5%-tnoj klorovodičnoj kiselini; rabljeno stakleno posuđe često sadrži puno proteina i ulja, što nije lako isprati nakon sušenja, pa ga treba odmah nakon upotrebe uroniti u čistu vodu radi ribanja.
2. Ribanje: Natopljeno stakleno posuđe stavite u vodu s deterdžentom i više puta ga oribajte mekom četkom. Ne ostavljajte mrtve prostore i spriječite oštećenje površinske obrade posuđa. Operite i osušite očišćeno stakleno posuđe za kiseljenje.
3. Kiseljenje: Kiseljenje je namakanje gore spomenutog pribora u otopini za čišćenje, poznatoj i kao kisela otopina, kako bi se uklonile moguće ostatke tvari na površini pribora uslijed jake oksidacije kisele otopine. Kiseljenje ne smije biti kraće od šest sati, obično preko noći ili dulje. Budite oprezni s priborom.
4. Ispiranje: Pribor nakon ribanja i kiseljenja mora se temeljito isprati vodom. Ispiranje pribora nakon kiseljenja izravno utječe na uspjeh ili neuspjeh stanične kulture. Ručno operite pribor nakon kiseljenja, a svaki pribor mora se više puta "napuniti vodom i isprazniti" najmanje 15 puta, te na kraju 2-3 puta namočiti u dvostruko destiliranoj vodi, osušiti ili osušiti i spakirati za kasniju upotrebu.

Metoda čišćenja pomoću XPZ-aperač laboratorijskog staklenog posuđaza čišćenje petrijeve zdjelice:
Količina čišćenja: 168 petrijevih zdjelica može se očistiti u jednoj seriji
Vrijeme čišćenja: 40 minuta za potpuno čišćenje
Postupak čišćenja: 1. Stavite petrijevu zdjelicu koju želite očistiti (nova se može izravno staviti u perilicu boca, a petrijeva zdjelica s hranjivim medijem treba izliti što je više moguće veći komad hranjivog medija) u odgovarajuću košaru perilice boca. Jedan sloj može očistiti 56 petrijevih zdjelica, a odjednom 168 petrijevih zdjelica s tri sloja.
2. Zatvorite vrata perilice boca, odaberite program čišćenja i perilica će automatski započeti s čišćenjem. Proces čišćenja uključuje predčišćenje – glavno pranje lužinom – neutralizaciju kiselinom – ispiranje čistom vodom.
3. Nakon čišćenja, vrata perilice boca se automatski otvaraju, vadi očišćenu posudu za kulturu i premješta se do opreme za sterilizaciju radi sterilizacije.
Čišćenje petrijevih zdjelica u biološkim laboratorijima vrlo je važan dio upravljanja laboratorijem. Korištenje potpuno automatskog stroja za pranje boca umjesto ručnog čišćenja može spriječiti unakrsnu kontaminaciju koja utječe na eksperimentalne podatke, zaštititi zdravlje eksperimentalnog osoblja i poboljšati učinkovitost eksperimenta.